Борис Штерн родился в 1950 году в Мурманске, рос в Самарской области в городе Жигулёвск.

В 1967 году поступил в Московский физико-технический институт (МФТИ), окончил его в 1973 году. С этого же года начинает работать в Институте ядерных исследований РАН в Троицке. С 1999 года также работает в Астрокосмическом центре ФИАН.

Степень кандидата физико-математических наук — 1980 год, доктора — 2006 год.

Основные научные результаты, в том виде, как они приведены на странице-представлении кандидата в члены-корреспонденты РАН в 2011 году:

• Обнаружение численным методом состояния с барионным числом 2 в теоретико-полевой модели Скирма (совместно с Копелиовичем В. Б.).
• Создание программы численного моделирования нелинейной системы взаимодействующих фотонов и лептонов.
• Интерпретация рентгеновских спектров активных галактических ядер через модель горячей короны из равновесной электрон-позитронной плазмы.
• Теоретическое обнаружение и численное исследование механизма диссипации релятивистских ударных волн и джетов в излучение через нелинейный конверсионный механизм перекачки энергии в частицы, альтернативный ускорению Ферми.
• Обнаружение порядка тысячи новых «нетриггерных» гамма-всплесков в архивных записях эксперимента BATSE.
• Открытие гигантских всплесков рентгеновской двойной Лебедь X-1 по архивным данным эксперимента BATSE
• Объяснение изломов в спектрах ярких блазаров, полученных гамма-обсерваторией «Ферми» фотон-фотонным поглощением на излучении дважды ионизованного гелия через рождение электрон-позитронных пар. Это определяет пространственный масштаб источника гамма-излучения и механизм образования джетов.

• Откуда взялась Вселенная?
• Экзопланеты: последние открытия, ближайшие перспективы и далекие цели
• Исследование Вселенной: прорывы и тупики XXI века
• Зоопарк Чёрных Дыр
• 100 лет развития космологии: От Эйнштейна до «Планка»

• Астрофизика
• Космология
• Научная фантастика
• Фантастика
• Журналистика

• Лауреат премии «Человек года – 2010» города Троицка в номинации «Город и общество».
• Почётная грамота Главы города Троицка (2010).
• Памятная медаль «100 лет со дня рождения Л. Ф. Верещагина» (2009).
• «За профессионализм, самоотверженный труд на благо города Троицка, вклад в развитие научных исследований».
• Лауреат литературной премии имени Александра Беляева (2015).
• Финалист премии «Просветитель» сезона 2014 года за книгу «Прорыв за край мира. О космологии землян и европиан».

• Штерн Б. Е. Прорыв за край мира. О космологии землян и европиан. — Троицкий вариант, 2014. — 324 с. — 3000 экз. — ISBN 978-5-89513-345-3.
• Штерн Б. Е. Ковчег 47 Либра. — Троицкий вариант, 2016. — 348 с. — ISBN 978-5-89513-395-8.